Os principais parceiros do CEAGRO são o Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra – MST, o Movimento de Pequenos Agricultores – MPA e a Via Campesina.
Nos últimos anos o CEAGRO também vem desenvolvendo inúmeras parceria, em pesquisas e projetos voltados a agroecologia, com várias instituições (privadas e governamentais) entre elas estão: Grupo Cooperativo de Mondragon – Espanha, Fundação Mundukide e Governo do Pais Basco -Espanha, Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária – INCRA, Universidade Federal da Fronteira Sul – UFFS, WWF – Brasil, Empresa Brasileira de Pesquisas Agropecuárias – EMBRAPA, Universidade Federal do Paraná – UFPR, Ministério do Meio Ambiente – MMA, Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento – MAPA, Ministério do Desenvolvimento Agrário – MDA, Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação – MCTI, Secretária de Estado da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior –SETI/PR, Secretaria Nacional de Economia Solidária – SENAES, Ministério do Trabalho e Emprego – MTE, rede ECOVIDA de Agroecologia, Instituto Federal do Paraná – IFPR, Universidade Federal de Santa Catarina – UFSC, entre outras.