Os principais parceiros do CEAGRO são o Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra – MST, o Movimento de Pequenos Agricultores – MPA e a Via Campesina.

Nos últimos anos o CEAGRO também vem desenvolvendo inúmeras parceria, em pesquisas e projetos voltados a agroecologia, com várias instituições (privadas e governamentais) entre elas estão: Grupo Cooperativo de Mondragon –  Espanha, Fundação Mundukide  e Governo do Pais Basco  -Espanha,  Instituto  Nacional  de  Colonização  e  Reforma  Agrária  –  INCRA,  Universidade  Federal  da Fronteira  Sul – UFFS, WWF – Brasil, Empresa Brasileira  de  Pesquisas  Agropecuárias  –  EMBRAPA, Universidade  Federal do Paraná –  UFPR,  Ministério  do  Meio  Ambiente  –  MMA,  Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento – MAPA, Ministério  do Desenvolvimento Agrário  –  MDA, Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação  –  MCTI, Secretária de Estado da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior –SETI/PR, Secretaria Nacional de Economia Solidária – SENAES, Ministério do Trabalho e Emprego –  MTE, rede ECOVIDA de Agroecologia, Instituto Federal do Paraná – IFPR, Universidade Federal de Santa Catarina – UFSC, entre outras.